La malattia può essere stadiata in funzione della estensione e della localizzazione delle lesioni presenti in cavità addominale, al fine di monitorare i risultati della terapia, preventivare l’outcome riproduttivo, effettuare studi e ricerche in casistiche omogenee. La stadiazione più diffusa ancora oggi risale al 1985 e divide l’endometriosi in 4 stadi (minima, lieve, moderata, severa), ma non tiene conto delle lesioni profonde. Per tale motivo diversi autori negli ultimi anni hanno proposto nuove classificazioni, basandosi sul meccanismo patogenetico (Konincks, 1992) o sulla localizzazione dei difetti posteriori (Adamyan, 1993e Chapron, 2003).
Piu recentemente (nel 2005) è stato introdotto un nuovo sistema di classificazione per la endometriosi profonda (Enzian Score), da associare a quella in stadi del 1985 per le lesioni superficiali, che divide i compartimenti pelvici in 3 (A, B, C) e che consente di descrivere il grado di profondità ed estensione di noduli vaginali, parametriali e rettali. I diversi stadi delle lesioni non sempre si correlano con l’entità della sintomatologia clinica.